داستان بازی Star Ocean First Departure درباره یک سیاره کوچک و آرام است که نژادی از موجودات هوشمند شبیه به انسان در آن زندگی می کنند و تنها تفاوت آن ها با انسان در این است که دم دارند. جالب این که شکل دم آن ها متفاوت است، مثلا دم بعضی ها از آنها به شکل سنجاب، شیر، میمون و حیوانات دیگر است. آرامش سیاره با شیوع یک بیماری واگیردار مرموز که این موجودات رت به سنگ تبدیل می کند شروع می شود. قهرمان ما یک پسر مو آبی به نام رتیکس (Ratix) است که به همراه دو دوست دیگر خود مسئولیت نگهبانی از دهکده شان را بر عهده دارند. با رسیدن خبر شیوع بیماری در دهکده مجاور، مالتوس، دکتر دهکده که پدر یکی از دوستان رتیکس است برای مداوا عازم دهکده همسایه می شود. اما پس از مدتی مالتوس نیز بیمار شده و طی نامه ای از گروه ما می خواهد مردم را از ماهیت این بیماری مطلع کرده و به هیچ وجه به دهکده نزدیک نشوند. اما دختر مالتوس تصور می کند با استفاده از گیاه دارویی جادویی که روی کوه مجاور روش می کند، قادر خواهد بود پدرش را مداوا کند و گروه کوچک ما برای پیدا کردن راهی برای مقابله با این بیماری، سفر خود را شروع می کنند.در این میان اتفاق های بسیاری برای آنها می افتد و دوستان جدیدی به آنها ملحق می شوند وگروه ما درگیر ماجرایی عظیم می شود که با سرنوشت موجودات دیگر، سیاره زمین کائنات ارتباط دارد.