داستان بازی X-Men Destiny پس از مرگ پرفسور چارلز اگزویر (Charles Xavier) اتفاق می افتد. در حالیکه انسان های معمولی و انسان هایی با قدرت های ماورا الطبیعه با هم مشکل دارند، مرگ اگزویر تریبون خوبی برای دعوت انسان های معمولی و Mutantها به سمت دوستی می شود. در حالیکه طی حادثه ای که برای پرفسور اگزیور اتفاق افتاد، تصور می شد که مگنیتو (Magneto) هم مرده باشد، پلیس اعلام کرد که در بین اجساد، جسد مگنیتو، دشمن قدیمی اگزویر پیدا نشده و به نظر می رسد که او حالا آماده حمله بزرگی به انسان ها است. همینطور هم می شود و شما می توانید داستان بازی را با یکی از سه شخصیت قابل انتخاب شروع کنید. نفر اول، یک بازیکن فوتبال آمریکایی به نام گرنت اکلساندر (Grant Alexander) است. نفر دوم، یک دختر ژاپنی به نام ایمی یوشیدا (Aimi Yoshida) و آخرین نفر، آدرین لوکا (Adrian Luca) است. داستان بازی طوری طراحی شده که بستگی به شخصیتی که انتخاب می کنید و یا با شخصیت های دیگر ارتباط برقرار می کنید، تغییر کند. این تغییرات نسبت به دیالوگ ها و یا کارهای شما در بازی است، ولی متأسفانه این ایده خیلی ضعیف اجرا شده است. ارتباط شما با شخصیت ها خیلی محدود است و از اول بازی تا انتها، فقط با یک سری شخصیت خاص صحبت می کنید.