داستان این انیمیشن از این قرار می باشد که یکی دیگر از آزمایش های علمی یک "کلون" می باشد که او می خواهد با قدرتی که با این تکنولوژی به دست می آور دنیا را نابود کرده و فرمانروای آن شود و در همین حین بار دیگر "Mewtwo" نقش اصلی این انیمیشن، از نقشه های شیطانی این کلون خبر دار شده و نقشه ای برای نابودی آن می کشد...