داستان بازی NARUTO SHIPPUDEN Ultimate Ninja STORM 2 از اولین قسمت ناروتو شیپودن و بازگشت ناروتو به خانه، آغاز می شود و با مبارزه با پین به اتمام می رسد. تمامی جزئیات داستان دقیقا از روی انیمه ساخته شده و حتی درصد زیادی از دایالوگ های بازی نیز با انیمه این سری مو نمی زند. خوشبختانه به داستان بازی به خوبی بها داده شده و حتی تیمی متشکل از نویسندگان فقط وظیفه نوشتن سناریوی بازی را بر عهده داشتند. به زبان ساده تر بگوییم که چه انیمه باز باشید چه نباشید، با بازی کردن این عنوان داستان کامل سری انیمه را تا بدین جا به خوبی و با تمامی جزئیات متوجه خواهید شد. کاراکتر ها به خوبی معرفی می شوند و کسانی که هیچ پیش زمینه ای از داستان ندارند به راحتی با کاراکتر ها رابطه برقرار می کنند. در طول داستان به سرنوشت تمامی کاراکتر ها پی می برید و در زمان های مخصوصی کنترل بازی بر روی دیگر شخصیت های انیمه تغییرکرده و داستان را از دید آن ها دنبال می کنید. گیم پلی بازی به دو بخش مبارزه و ماجرایی تقسیم می شود. در بخش ماجرایی بیشتر داستان را پیش می برید؛ گرفتن ماموریت از هوکاگه و دیگر کاراکتر های دهکده هونوکا؛ تلاش برای یافتن شیئی خاص یا فردی خاص، خریداری تسهیلات مورد نیاز و … . برای هر ماموریت باید راه بسیار زیادی را از دهکده تا محل مورد نظر طی کنید که در بلند مدت روند خوشایند خود را با روند تکراری شدن جایگزین می کند. این کار وقتی خسته کننده تر می شود که دهکده ها و سرزمین های دیگر و حومه شهر به نقشه اضافه می شوند و مثلا برای رسیدن به دهکده شن چند دقیقه ای را، باید با راه های تکراری و بدون اتفاق را سپری کنید. البته ناگفته نماند که بر سر راه می توانید به جمع کردن شیئ های روی زمین بپردازید و سپس آن ها به مغازه دار ها بفروشید! خوشبختانه همانند بازی های یوبی سافت در راه مجبور به انجام مبارزات اجباری و مسخره با کاراکتر های از من در آوردی نیستید و تا زمان مخصوص فرا نرسد از مبارزه خبری نیست. برای آسان تر شدن گشت و گذار، نقشه هایی در بازی تعبیه شده که از سه بخش تشکیل می شوند. نقشه کوچکی که در کنار تصویر دائما در حال نشان دادن محل کنونی شماست. نقشه دیگر، منطقه ای است که در آن هستید و نقشه آخر، نشان دهنده کلی دهکده ها و سرزمین ها است. این نقشه ها تا پایان بازی تقریبا بی استفاده باقی می مانند زیرا محل بعدی یا مقصدتان با یک پیکان بر روی نقشه کوچک نشان داده می شود؛ اما بعد از اتمام بازی، برای انجام ماموریت های فرعی به آنها نیاز خواهید داشت زیرا برای باز کردن تمامی کاراکتر ها نیاز به این ماموریت ها خواهید داشت. قسمت مبارزات، اصلی ترین بخش بازی است که به کلی بر مشکلات بخش ماجرایی سرپوش می گذارد. مبارزات بسیار زیبا و جذاب و پرهیجان طراحی شده اند. وقتی زمان مقرر برای مبارزه فرا می رسد، کاراکتر ها در یک محیط نسبتا بزرگ روبروی یکدیگر قرار میگیرند. بر خلاف سنت بازی های فایتینگ دوربین این قسمت در حالت نیمرخ از کاراکتر ها ثابت نیست و بسته به موقعیت مبارزه دو نفر، دائما در حال چرخش و تغییر مکان است. ممکن است لحظه ای نزدیک به دوربین باشید و چند ثانیه بعد در آن سر میدان نبرد! مبارزات با استفاده از چندین فاکتور اصلی انجام می شود که باید با هوشیاری کامل از آن ها استفاده کنید، زیرا در صورت استفاده نا صحیح، نتیجه نبرد به برد حریف ختم می شود.