بر خلاف نسخه‌های پیشین بازی‌های لگو که شما در نقش قهرمانان در بازی ظاهر می‌شدید، این‌ بار وظیفه شما در عنوان LEGO DC Super-Villains این است که هدایت کاراکتر‌های منفی دنیای دی سی را بر عهده بگیرید، با تشکیل دادن تیمی از کاراکترها، قانون دنیای خود را بشکنید و خط داستانی جدیدی از بازی‌های لگو را تجربه کنید. بازی LEGO DC Super-Villains کاربران را به سفری دعوت می‌کند که داستان آن را شخصیت‌های شرور و خاطره‌انگیز دنیای DC رقم می‌زنند. فهرست شخصیت‌های پلید این بازی به طرفداران اجازه می‌دهد که تیمی از کاراکترهای جوکر، هارلی کویین و لکس لوتر را تشکیل دهند که کره زمین را از دست کاراکتر‌های تاریک‌تر نجات می‌دهند. روند بازی تنها به نبرد شما با قهرمانان اصلی بازی خلاصه نمی‌شود و در آن سو همانند Suicide Squad شما به مبارزه با گروه‌های تاریک دیگری می‌روید. گویا قهرمانان اصلی دنیای دی سی یعنی گروه Justice League ناپدید شده‌اند و گروه دیگری از قهرمانان که خود را Justice Syndicate نامیده‌اند، در دنیای این بازی حاضر شده‌اند.