همانند نسخه‌های پیشین، بازی Mega Man 11 در سبک دو‌بعدی، سایداسکرولینگ و اکشن-پلتفرمر طراحی شده است. در جریان بخش داستانی، شاهد مبارزات مداوم مگامن و همراهان‌اش (رول، دکتر لایت و راش) با دکتر وایلی نابکار هستیم که قصد دارد دنیا را تسخیر کند و حال شما باید مانع از انجام این کار شوید. نکته‌ی متفاوت رویارویی مگامن با شخصیت شرور این مجموعه، این است که این بار دکتر وایلی برای قدرتمند ساختن سرهنگ‌های سایبورگش جدیدترین تکنولوژی و ارتقاهای دانشگاه ربات را می‌دزدد. البته در این راه مگامن هم ویژگی‌های جدیدی کسب کرده است که از میان آن می‌توان به تقویت شدن شلیک‌های معروف‌اش و همچنین اضافه شدن یک سری مهارت‌های پرشی اشاره کرد.