داستان بازی و تم اصلی Mighty No 9، بی شباهت به بازی Mega Man نیست. شخصیت اصلی بازی Mighty No 9 ، بِک (Beck) نام دارد و نهمین واحد گروهی از روبات هاست که Mighty Number خطاب می شوند. در طول داستان، بقیه اعضای گروه او و تعداد زیادی از ماشین های جهان مورد حمله ویروسی قرار می گیرند و حال این وظیفه بک است تا با روبات ها بجنگد و عامل این اتفاقات را پیدا کند. به جز داستان، گیم پلی بازی نیز شبیه Mega Man است. بعد از مرحله ابتدایی، شما می توانید همچون Mega Man مراحل را به هر ترتیبی که می خواهید طی کنید و بعد از شکست دادن باس هر مرحله نیز، یک توانایی و مهارت جدید بدست می آورید که می توانید بر علیه دیگر دشمنان از آن استفاده کنید. مکانیک های اکشن بازی نیز که کاملا شبیه Mega Man طراحی شده اند و نوع شلیک ها، حرکت سرعتی (Dash) به سمت دشمنان و حتی همین قابلیت های جدیدی که از دشمنان بدست می آورید مانند Mega Man هستند و البته دلیلی هم برای تغییر این فرمول های موفق وجود ندارد. اما با همه ی این ها، بازی یک مکانیک جدید هم دارد؛ سل (Xel). این ماده به نوعی منبع انرژی روبات هاست و درون هر دشمنی که با آن رو به رو می شوید نیز وجود دارد. برای بدست آوردن این ماده شما باید به دشمنان خود ضربه وارد کنید و وقتی آن ها را از کار انداختید، با یک حرکت سرعتی (Dash) به سمت آن ها، این ماده را جذب کنید. هر چه قدر این کار را سریع تر انجام دهید، میزان درصدی که تحت نام درصد جذب (Absorption Rate) شناخته می شود بالاتر خواهد بود و اگر این مقدار به 100 درصد برسد، وارد حالت Combo Mode می شوید که باعث می شود امتیاز بیش تری کسب کنید. سل ها نیز انواع مختلفی دارند: سل قرمز میزان ضربه ای که به دشمنان می زنید را افزایش می دهد، سل سبز چابکی و سرعت شما را افزایش می دهد، سل زرد برای بالابردن دفاع استفاده می شود و سل بنفش نیز به نوعی نقش آیتم درمانی بازی را ایفا می کند که در منوی توقف بازی (Pause Menu) می توانید از آن برای افزایش نوار سلامتی خود بهره بگیرید.