Black Ops II اولین بازی از مجموعه بازی‌های ندای وظیفه است که دارای تکنولوژی تسلیحاتی آینده بوده و همچنین برای اولین بار در این مجموعه، داستان بازی به چندین شاخه تقسیم می‌شود که کاربر می‌تواند یکی از آن‌ها را انتخاب کند و ادامه دهد. مبارزه ی تک نفره دارای دو داستان بهم مرتبط است: اولین داستان در سال‌های دهه ی 1970 تا 1980 رخ می‌دهد و داستان دیگر در سال 2025. قهرمان بازی‌های عملیات سیاه، الکس میسون به عنوان قهرمان داستان در بخش جنگ سرد مجدداً نقش آفرینی خواهد کرد، و در آنجا در جنگ‌های واسطه‌ای برای ایالات متحدهٔ امریکا در جنگ سرد می‌جنگد. محل‌های مشخص برای این بخش از بازی عبارتند از: محل‌های متعددی در امریکای مرکزی، افغانستان در زمان تهاجم شوروی و آنگولا. در این بخش از بازی، همچنین شاهد ظهور رسوایی دشمن اولیه ی بازی، رائول منندز خواهیم بود. رائول، یک نارکو-تروریست با اصلیت نیکاراگوئه و رهبر کوردیس دای است. کوردیس دای یک جنبش مردمی است که به عنوان قهرمانان قربانی‌های نابرابری اقتصادی گرامی داشته می‌شود. دوست و همکار میسون با نام فرانک وود نیز بر می‌گردد و داستان را در قسمت مربوط به سال 2025 روایت می‌کند. در قسمت 2025 بازی، پسر الکس میسون با نام دیوید در نقش اول بازی می‌کند. هنگامی که بورس سهام چین توسط یک حمله ی سایبری فلج می‌شود، چین صادرات عناصر زمینی کمیاب را تحریم می‌کند که اینکار منجر به یک جنگ سرد جدید بین چین و امریکا می‌شود. در این برهه ی زمانی، جنگ بوسیله ی ربات‌ها، جنگ افزار سایبری، وسیله‌های بدون سرنشین و سایر تکنولوژی‌های آینده‌ای انجام می‌گیرد. دراین شرایط، منندز سعی می‌کند تا با تحریک درگیری بین طرفین، یک جنگ تمام عیار را براه اندازد. محل‌های شناخته شده برای این قسمت از بازی عبارتند از: لس آنجلس، سنگاپور، سوکوترا و یمن.