شخصیت بازی یعنی Sam Fisher که در گروه Third Echelon مشغول فعالیت بود پس از مرگ دخترش Sara بر اثر تصادف که بوسیله یک گروه تروریستی بنام JBA اعمال شده بود بسیار افسرده و غمگین می شود و چون سازمان پلیس آمریکا که قادر به انحدام این گروه ها نبود، باعث شد تا سازمان NSA طرحی در مورد ورود به تشکیلات سری این گروه بکشد و در نتیجه Sam Fisher را با بهانه قرار دادن مرگ دخترش بوسیله گروه JBA ترغیب نمود تا بعنوان یک جاسوس مخفی در این گروه نفوذ و آنرا از درون نابود سازد. در حقیقت سام تنها فردی است که می تواند از پس این ماموریت بسیار خطرناک و خطیر برآید. در نهایت سام فیشر با ارتکاب جرم هایی مانند دزدی، آدم ربابی و ... در تلاش برای ساخت مدارک جرم قلابی و سابقه خرابی بود تا از این طریق به زندان افتاده و با فردی بنام Jamie Washington که در گروه JBA فعالیت میکرده و اکنون به زندان افتاده ارتباط برقرار نماید تا بتواند در سازمان تروریستی JBA نفوذ کند. پس از این ارتباط Jamie با همکاری سام فیشر موفق به گریز از زندان می شوند. پس از فرار از زندان جیمی به او پیشنهاد میکند تا به گروه JBA ملحق شود. از این به بعد سام وارد گروه JBA میشود؛ اما Moss که رییس گروه است برای اعتماد هر چه بیشتر از او میخواهد تا یک خلبان بیگناه را به قتل برساند. از این به بعد مفهوم مامور دوجانبه معنی می یابد. از حالا کار سام شروع میشود و روند داستانی بازی دیگر دست شماست. داستان بازی با پیچیدگی خاص خود زیبایی بخصوصی به بازی داده است.